
El Tribunal utilizó en casos extremos la denominada cuestión de tormento. Mayormente lo hizo cuando el reo había caído en contradicciones manifiestas en sus declaraciones -las cuales eran bajo juramento- o cuando habiendo numerosos testigos u otras pruebas el procesado se negaba a confesar. En honor a la verdad hay que manifestar que el empleo del tormento por el Tribunal fue limitado. Así, su aplicación era supervisada por los inquisidores y el médico, no se podía producir derramamiento de sangre y las sesiones tuvieron una duración promedio de un cuarto de hora. Se estima que fue empleado en no más de un 6 a 9% del total de procesos. En los tribunales civiles de la época no habían tales consideraciones y su empleó fue general aún en aquellos casos en que los sospechosos habían declarado plenamente sus culpas.